Akreditáciu univerzity vykonáva Akreditačná komisia, ktorá je poradným orgánom vlády SR. Jej úlohou je sledovať, posudzovať a nezávisle hodnotiť kvalitu činností vykonávaných fakultou najmä vo výskumnej a vzdelávacej činnosti, ako aj ďalších podmienok, v ktorých sa táto činnosť fakulty resp. univerzity uskutočňuje.

V akademickom roku 2007/2008 bola uskutočnená komplexná akreditácia EU v Bratislave. Na základe jej výsledkov bolo priznané NHF EU v Bratislave právo uskutočňovať výučbu v Akreditačnou komisiou schválených študijných programoch 1, 2. a 3 stupňa vysokoškolského vzdelávania (ktoré sú podrobne uvedené ďalej), ako aj právo udeľovať príslušné akademické tituly na dennej a externej forme štúdia (na 1. stupni štúdia BC, na 2. stupni štúdia Ing., na 3. stupni štúdia PhD.)

Študijné programy 1., 2., a 3. stupňa vysokoškolského vzdelávania sú akreditované do najbližšej komplexnej akreditácie EU v Bratislave.